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Die dritte Phase der Forschung konzentriert sich auf die Datenerhebung, wobei die Methoden auf der Grundlage der vorangegangenen Phasen der Forschungsvorbereitung und Mitgestaltung ausgewählt werden. In diesem Schritt hat die Forschung eine klar definierte Struktur mit Verfahren, Rollen und Verantwortlichkeiten, die gemeinsam zwischen akademischen und bürgerschaftlichen Forschern ausgearbeitet, ausgehandelt und kommuniziert werden. Hier ist es wichtig, das allgemeine Forschungsthema und die Fragen in Unterfragen aufzugliedern, die anwendbar und kontextbezogen sind. In einem sozialwissenschaftlichen Bürgerprojekt ist die Durchführung der Forschung auch der Schritt, bei dem die wissenschaftlichen Partner den Fortschritt der Aktivitäten überwachen, um die handlungsbezogenen Projektziele zu erreichen (und um sicherzustellen, dass die wissenschaftlichen Standards für Strenge eingehalten werden). Die Durchführung der Forschung ist ein kollaborativer Prozess, bei dem der weitere Verlauf der Forschung (neu) ausgehandelt wird und Fallstricke und Streitigkeiten gelöst werden.  

Schritt 3 bei der Durchführung von Forschungsarbeiten sollten die folgenden Fragen geklärt werden: Sind die gewählten Untersuchungsmethoden geeignet, um die Forschungsfrage zu beantworten? Wurden die Forschungsinstrumente nach wissenschaftlichen Standards entwickelt? Ist die Datenerhebung vollständig? Gibt es einen neuen, sich abzeichnenden Bedarf an zusätzlichen Daten? Entsprechen die ethischen Verfahren und Strategien des Projekts den Bedürfnissen und Anforderungen der Datenerhebung?